신조협려 2014 다운로드

신조는 단백질 데이터 뱅크에서 실험적으로 결정 된 구조에서 발견 되는 작은 분자와 고분자 사이의 모든 쌍별 원자 상호 작용 뿐만 아니라 내부 분자 접촉을 저장 하는 독특한 관계형 데이터베이스입니다. 이러한 상호 작용은 추가적인 화학적 및 생물학적 데이터와 통합 됩니다. 데이터베이스는 약물 발견을 위한 포괄적 인 분석 플랫폼을 만들기 위해 유용한 데이터 구조 및 chemin구조적 루틴 등의 알고리즘을 구현 한다. 데이터베이스는 http://www-cryst.bioc.cam.ac.uk/credo에서 웹 기반 인터페이스, 데이터 세트 및 웹 서비스 다운로드를 통해 액세스할 수 있습니다. 웹 사이트는 신조 데이터를 공개적으로 세 가지 형태로 사용할 수 있도록 만들어졌습니다. 웹 인터페이스 자체를 사용 하면 가장 중요 한 엔티티 (PDB 항목, 리간드, 바인딩 사이트 등)를 신조에서 찾아볼 수 있으며 일반적으로 사용 되는 검색 방법도 사용할 수 있습니다. 데이터베이스에 저장 된 데이터는 각 엔터티에 대해 표시 되 고 가능한 경우 추가 외부 정보로 보강 됩니다 (예: 화학 성분이 포함 된 ChEMBL의 모든 분석은 ChEMBL 웹 서비스를 통해 비동기적으로 검색 됨). 엔터티 간의 관계는 각 엔터티 페이지 또는 목록에 표시 되는 내부 링크를 통해 구현 됩니다. 화학 성분은 예를 들어 상호작용을 볼 수 있는 그들의 리간드에 연결 되거나 심지어 전체 단백질-리간드 복합체는 상호작용을 포함 하 여 가시화 될 수 있다. 3D 소 분자 구조물 및 생물학 어셈블리의 시각화는 GLmol (http://webglmol.sourceforge.jp)의 수정 된 버전을 사용 하 여 구현 되었으며, 대부분의 최신 브라우저에서 지 원하는 순수 JavaScript API를 사용 하 여 WebGL을 렌더링 합니다.

2D 및 3D 그래픽 (http://www.khronos.org/webgl). 이 시각화의 스크린샷은 JNK3와 함께 복잡 한 리간드 J07에 대 한 그림 1에서 볼 수 있습니다. 또한 웹 사이트는 RESTful 웹 서비스를 통해 보다 프로그래밍 방식으로 액세스할 수 있으며, 요청에서 JSON을 허용 하는 경우 대부분의 리소스 (Url)는 JSON 형식으로 데이터 집합을 반환할 수 있습니다 (헤더에 accept: 응용 프로그램/json이 포함 되어 있음). 예를 들어 피리 미 딘를 포함 하는 모든 화학 성분은 다음 자원에 대 한 GET 요청과 함께 검색 될 수 있습니다. 서브 구조체 = c1cc (cnc1) c2ccncn2. 사용 가능한 리소스에 대 한 설명과 몇 가지 예는 웹 사이트의 도움말 섹션에서 확인할 수 있습니다. 마지막으로, 신조 웹 사이트는 또한 요청 된 다양 한 데이터 세트를 나열 하 고 다운로드할 수 있습니다. 예를 들어 상기 키나 아 제 데이터 세트는 정기적으로 업데이트 된 UniProt 인간 및 마우스 키나 제 수집 (http://www.uniprot.org/docs/pkinfam)의 도움으로 확인 되는 리간드 및 단백질 키나 제 사슬 사이의 상호작용을 포함 한다. 다음 섹션의 신조 웹 사이트에 대 한 링크는 데이터베이스에 액세스할 수 있는 방법의 예제 역할도 합니다.

새로운 신조 데이터베이스는 또한 대부분의 엔터티에 대 한 안정적인 식별자를 소개 합니다. 이러한 식별자는 여러 가지 이유로 도입 되었습니다: 기본 키로 사용 되는 순차 정수는 단일 데이터베이스 버전에 대해서만 유효 하므로 안정적이 지 않습니다. 따라서 다른 데이터베이스에 대 한 상호 참조와 같은 외부 응용 프로그램에는 사용할 수 없습니다. 신조의 안정 된 식별자는 PostgreSQL의 네이티브 데이터 유형인 경로 트리로 구현 되 고, 신조 데이터베이스의 사용자가 잘 알고 있을 가능성이 밀접 한 PyMOL 선택 매크로와 유사 하도록 설계 되었습니다. PDB 엔트리 (J07)에서의 리간드의 안정 된 식별자는 예를 들어 22P33/0/A/J07에 해당 하며이는 PDB 코드/생물학적 어셈블리/체인/잔류 물 이름에 상응 하는 번호 이다.

Bookmark the permalink.

Comments are closed.